Atualmente, acredita-se que a doença de Crohn ocorra devido a fatores genéticos e ambientais. Por razões desconhecidas, o sistema imunológico torna-se excepcionalmente ativo contra o organismo do próprio indivíduo. Ele não ataca apenas o intestino. Às vezes, ataca outros órgãos como a pele, os olhos ou o fígado.
