As manifestações clínicas da doença de Crohn são dependentes da localização e extensão do acometimento da lesão do tecido agredido. Quando o acometimento é no íleo, então temos a enterite regional clássica da doença de Crohn. O diagnóstico pode ser demorado, e as crises frequentes vão agravando o tecido agredido, e muitas das vezes resulta em complicações que levam o indivíduo a passar por intervenções cirúrgicas. Por outro lado, em alguns pacientes as crises podem se apresentar em intensidade menor e algumas das queixas podem ser evidenciadas como diarréia, vômitos, febre, emagrecimento, perda de peso, dores abdominais e palpação. O paciente pode possuir a doença e permanecer assintomático por meses e anos. A dor abdominal e a palpação são devido a inflamação transmural que pode resultar em fibrose e estreitamento da luz intestinal. O vômito ou êmese é a expulsão forçada do conteúdo digestivo pela boca, de forma reversa ao movimento normal. O sistema autonômico atua de forma a preceder a manifestação emética, resultando em ânsia, náuseas, salivação, sudorese, alterações arrítmicas e respiratórias. Há forte contração de forma reversa nos músculos abdominais, isso diminui a pressão intratorácica, e ocorre contração contínua do antro e a ação do peristaltismo reverso forçam o conteúdo gástrico pelo esfíncter esofágico inferior ao esôfago flácido. O vômito é controlado pelo centro do vômito no bulbo, onde estímulos elétricos causam vômitos instantâneos sem ânsia, em outra área bulbar pode resultar em ânsia sem vômito. Este centro é ativado por impulsos aferentes provenientes de diversas partes do corpo. Em tese, o vômito é uma forma do corpo expulsar substâncias que podem ser nocivas e/ou tóxicas ao organismo, contudo, o vômito prolongado pode acarretar deficiências, quanto ao balanço de líquidos, eletrólitos, hipocalemia e alcalose metabólica. Em alguns casos ocorre o acometimento do cólon, onde podem ser evidenciados perda de sangue fecal oculto ou pouco visível, isso pode resultar em anemia ao longo do tempo e esse quadro pode levar ao diagnóstico precoce da doença. A perda de peso é comum, devido a má absorção relacionada ao intestino delgado e da diminuição da ingestão de alimento com a finalidade de evitar os sintomas e também as crises de vômito. Podem surgir crises sistêmicas como sudorese noturna, febre, mal-estar e dores articulares. Em alguns casos o diagnóstico inicial pode ser confundido com doenças que apresentam sintomas semelhantes a doença de Crohn, dentre estas pode-se citar, apendicite aguda, síndrome do intestino irritável, colite ulcerativa e retocolite ulcerativa dentre outras. As manifestações extra-intestinais podem surgir e são associados a sintomas da doença, incluindo artrite, eritema nodoso, piodermatite gangrenosa, úlceras aftosas da boca, uveíte, anemias, cálculos urinários, colangite esclerosante, sacroileíte, baqueteamento das pontas dos dedos, pericolangite hepática leve inespecífica. O surgimento de sinais e sintomas extraintestinais podem preceder o surgimento dos sintomas intestinais. São típicos o aparecimento laboratoriais que mostram a deficiência de vitamina B12, folato, albumina e ferro, além de apresentarem leucocitose, trombocitose, elevada taxa de hemossedimentação e presença de sangue oculto nas fezes. O surgimento de fístulas são comuns na maioria dos pacientes e promovem ligação entre a parte acometida com vísceras pélvicas ou órgãos adjacentes, podendo também serem formados para o exterior atravessando a parede abdominal, região perianal e enterovaginal. Os pacientes portadores da doença de Crohn progressiva e prolongada fazem parte do grupo de risco a desenvolverem câncer do trato gastrintestinal, porém em menor proporção quando comparado com colite ulcerativa.