Atualmente, acredita-se que a colite ulcerativa ocorra em indivíduos predispostos devido a fatores genéticos e ambientais. Por razões desconhecidas, o sistema imunológico torna-se excepcionalmente ativo contra o organismo do próprio indivíduo. Ele não ataca apenas o intestino; às vezes, ataca outros órgãos como a pele, os olhos, ou o fígado.
