Devido ao risco de problemas osteoarticulares, não é aconselhável o uso de ciprofloxacino em crianças e adolescentes em vista da existência de alternativas eficazes. O tratamento da doença de Crohn em crianças tende a ser mais agressivo com o uso de imunomoduladores como a azatioprina em fases mais precoces, evitando o emprego prolongado de corticosteróides. O crescimento e o desenvolvimento puberal devem ser monitorizados. Caso haja retardo, fatores relacionados ao seu desencadeamento devem ser avaliados. As causas mais frequentes incluem redução na ingestão alimentar, perdas intestinais, inflamação e uso de corticosteroides. No caso de doença em atividade leve e contraindicação ao uso de corticosteroides, sugere-se a avaliação em serviço especializado de referência, para que seja considerada terapia nutricional com dieta polimérica. Crianças com doença de Crohn apresentam estas complicações com maior frequência do que as com retocolite ulcerativa. Caso haja indicação de terapia anti-TNF, o infliximabe está aprovado para a faixa etária entre 6 e 17 anos; mas o adalimumabe não está aprovado para uso pediátrico.